宗教改革运动所带来的第二个重大结果是随之而来的在欧洲广泛进行的宗教战争,其中有些是叫人难以相信的血腥战争(例如从1618年到1648年的德国三十年战争)。即使不考虑这些战争,在随后几个世纪中的欧洲政治舞台上,天主教徒和新教教徒之间的政治斗争都起着一种主要的作用。
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宗教改革运动在西欧文化发展中还起着一种微妙难言但非常重要的作用。在1517年之前只有一种国教──罗马天主教,不信奉国教者就被带上一顶持异端邪说的帽子,这种气氛肯定不利于思想独立。宗教改革运动以后,许多不同的国家都接受了宗教思想自由的原则,思索其他学说也比以前安全了。